Kostol bol postavený v roku 1808. V Lefantovciach bol najstarší kláštor pavlínov na Slovensku z roku 1369. V rokoch 1643-1671 bol zástupcom priora kláštora Juraj Čepeléni - mučeník.
Z Lefantoviec pochádza aj barón Blažej I. Jaklin (1642-1695), nitriansky biskup. V Dolných Lefantovciach v krypte je pochovaný rodák z Horných Lefantoviec Vojtech Bartakovič, ktorý bol jágerským arcibiskupom.