Kostol bol postavený ako posledný kostol za totalitných čias. Bolo to z dôvodu nutnosti asanovať starý kostol, ktorý zneprehľadňoval miestnu komunikáciu. V roku 1969 bolo preto vydané stavebné povolenie na stavbu nového kostola. Stavba bola realizovaná v rokoch 1969-1973.
Autorom vitráže v priečelí kostola je Vincent Hložník; plastika Nanebovystupujúceho Krista je od Alexandra Trizuliaka, Krížová cesta na oknách i doskách je od Ladislava Záborského. Autor plánu sanktuária je Ing. Marián Remenár, sochy sú dielom akad. sochára Pavla Čambála.
Stavba bola realizovaná z milodarov veriacich. Kostol posvätil 5.9. 1993 Mons. Dominik Tóth. Bolo to na 750. výročie prvej písomnej zmienky o Zelenči a na 20. výročie postavenia kostola. Posledným významným dielom je krásny píšťalový organ, ktorý slúži veriacim od roku 2009.