Z hľadiska rozsahu prameňov o jeho živote a diele patrí svätý František z Assisi medzi najlepšie zdokumentované osobnosti stredoveku.
František sa narodil v roku 1181 alebo 1182 v umbrijskom meste Assisi na úpätí hory Subasio. Jeho rodičmi boli bohatý obchodník s látkami Pietro di Bernardone a jeho manželka Giovanna, známa ako Pica. Pri svätom krste dostal meno Giovanni, teda Ján. Otec, ktorý bol v čase jeho narodenia na obchodnej ceste vo Francúzsku, mu po návrate dal prezývku Francesco (malý Francúz).
František dostal pomerne dobré vzdelanie, keďže otec chcel, aby ako obchodník vedel čítať, písať a počítať. Poslal preto syna do školy vo farnosti San Giorgio, ktorú prevádzkovala kapitula San Rufino. Vo veku štrnástich rokov sa stal František podľa vtedajších pravidiel plnoletým a vstúpil do spoločnosti svojho otca ako obchodník.
V novembri 1202 sa František zapojil do vojny Assisi, ktoré patrilo do sféry vplyvu Hohenstaufenovcov, proti susednej Perugii, ktorá patrila do sféry vplyvu Guelphovcov, v ktorej bolo Assisi porazené v bitke pri Collestrade. Ako ďalší bojovníci z Assisi aj František bol uväznený v Perugii a až po viac ako roku bol začiatkom roka 1204 prepustený výmenou za otcovo výkupné. Po prepustení bol podľa svojho prvého životopisca Tomáša z Celana chorý a hlboko otrasený.
Keď Walter III. von Brienne, pápežov vazal, pripravoval vojenskú výpravu do Apúlie v roku 1204 alebo 1205, aby znovu získal moc pre pápeža proti Hohenstaufenovcom, vybral sa aj František, aby sa pridal k rytierom verným pápežovi. Na bojisko však už nedorazil: počas cesty mal podľa podania sen, kde bol vyzvaný, aby slúžil skutočnému Pánovi, a nielen sluhom.
V nasledujúcom období sa František čoraz viac vyčleňoval z okruhu svojich priateľov a vyhľadával samotu. V roku 1205 alebo 1206 vykonal púť do Ríma, počas ktorej si podľa legendy vymenil šaty so žobrákom po tom, čo bol svedkom lakomstva bohatých voči žobráckym chudobným. Po zvyšok dňa sa sám pripojil k žobrákom a žiadal o almužnu. Jeho správanie ho priviedlo do konfliktu s otcom, ktorý mal so svojím najstarším synom veľké plány a netoleroval, že rozdával tovar zo svojho obchodu ako almužnu.
Počas leta 1206 mal podľa podania pri modlitbe v Kostole San Damiano mystický zážitok, keď počul Kristov hlas, ktorý ho vyzval, aby obnovil jeho schátralý dom.
V reakcii na túto víziu si vyprosil stavebný materiál a podľa svojich životopiscov začal sám reštaurovať malý románsky kostolík. Neskôr rovnakým spôsobom zrekonštruoval Kostol San Pietro della Spina, dnes už neexistujúci, ako aj Kaplnku Santa Maria degli Angeli, ktorá sa nachádza asi tri kilometre od Assisi a je známa ako Porciuncula.
František použil tovar a peniaze z obchodu svojich rodičov na charitatívne účely a na reštaurátorské práce na Kostole San Damiano. To viedlo k sporu s otcom, ktorý nakoniec vyústil do procesu pred miestnym biskupom Guidom II. Na súdnom pojednávaní, ktoré sa konalo verejne na katedrálnom námestí na jar 1207, sa František úplne vyzliekol. Týmto gestom sa verejne zriekol svojho dedičstva i svojho otca: „Až do dnešného dňa som ťa nazýval svojím otcom na tejto zemi; Odteraz budem hovoriť: ‚Otče, ktorý si na nebesiach.‘“
Po tejto udalosti začal žiť František ako pustovník za mestskými hradbami. Chodil z domu do domu a žobral o jedlo. Svoju dobrovoľnú chudobu označoval ako svoju „milenku“. Často sa modlil v kaplnkách v okolí Assisi, najmä v Porciuncule, a staral sa o malomocných, ktorí museli žiť mimo mestských hradieb.
František sa považoval za kajúcnika a s týmto vedomím povzbudzoval aj svojich blížnych, aby milovali Boha a robili pokánie za svoje hriechy. Jeho kázne spolu so životným štýlom mu priniesli výsmech a odmietanie, no jeho príklad zároveň priťahoval, takže sa k nemu časom pridalo mnoho bratov, i keď podľa vlastných vyjadrení v závete nemal v úmysle založiť rehoľný rád.
Podľa životopisov sa bratia spočiatku zdržiavali v chatrči v Rivotorte, niekoľko kilometrov od Assisi. V roku 1208 zveril opát benediktínskeho opátstva na Monte Subasio bratom kostolík Porciuncula. Podľa Tomáša z Celana František nechcel vlastniť žiadnu pôdu a trval na tom, aby bratia platili benediktínom akúsi rentu v podobe rýb. Na pozemku okolo kostola žili bratia v jednoduchých chatrčiach vyrobených z raždia.
V roku 1209 odišiel František so svojimi prvými dvanástimi spoločníkmi do Ríma. On sám alebo jeho životopisec si toto číslo pravdepodobne zvolil zámerne pre symboliku dvanástich apoštolov. Dôvodom cesty bolo získať od pápeža Inocenta III. schválenie spôsobu života. V čase vojen s heretikmi to nebolo ľahké dosiahnuť, pretože na zakladanie nových hnutí sa pápežská kúria pozerala s extrémnym skepticizmom. Prvá verzia františkánskej reguly prezentovaná v tom čase v Ríme (v literatúre nazývaná Regula primitiva – Pôvodné pravidlo) sa stratila. Pravdepodobne predstavovala stručný a jednoduchý návod na život v chudobe, zostavený z citátov z evanjelií.
Z dnešného pohľadu František odprezentoval svoju požiadavku šikovne tým, že bratov opísal ako kajúcich alebo potulných kazateľov. Takých cirkev uznávala, no voči stúpencom iných hnutí chudobných vrcholného stredoveku, napríklad katarom/albigéncom, valdénskym či humiliátom, postupovala ako voči heretikom, dokonca aj silou zbraní.
V lete alebo na jeseň roku 1210 dal pápež malej komunite okolo Františka aspoň ústne a pravdepodobne na skúšku povolenie žiť v chudobe podľa ich pravidla a kázať pokánie. K pozitívnemu výsledku prispelo aj to, že František našiel v kúrii spojencov pre svoju vec, najmä kardinála Ugolina z Ostie.
Pápežské uznanie rádu bolo pravdepodobne verejne vyhlásené krátko pred IV. lateránskym koncilom v roku 1215 alebo počas neho, pretože po tomto koncile bolo zakladanie rádov na základe neschváleného rádového pravidla zakázané. Nie je známe, či uznanie bolo udelené písomne, alebo ústne.
V roku 1219 počas križiackej výpravy z Damietta František odcestoval ako misionár do Palestíny a pripojil sa ku križiackej armáde na ceste do Egypta. V blízkosti Damietty pri ústí Nílu kázal v tábore moslimskej armády pred sultánom Al-Kamilom. Tento incident je zdokumentovaný aj v nefrantiškánskych zdrojoch, napríklad od kronikára križiackych výprav Olivera von Paderborna. František sledoval tri ciele: po prvé chcel obrátiť sultána na kresťanstvo, po druhé, ak to bolo potrebné, chcel zomrieť ako mučeník a po tretie chcel nastoliť mier. Hoci sultán daroval Františkovi poľnicu a stretnutie so žobrákom naňho veľmi zapôsobilo, František nedokázal zabrániť hroziacej bitke a križiacka výprava ako celok pokračovala.
Po tejto ceste sa Františkov zdravotný stav postupne zhoršoval, pravdepodobne v dôsledku očnej infekcie, ktorú dostal v Oriente. Problémy sa vyskytli aj v rýchlo rastúcom ráde. Kým František nebol v Itálii, vo františkánskej komunite, ktorá už bola zastúpená v celej Európe, vzrástlo napätie. Po návrate do Assisi odovzdal František vedenie rádu Petrovi Catanimu v roku 1220. Približne v rovnakom čase pápež Honorius III. dal bratstvu jasne hierarchickú štruktúru, ktorá len ťažko zodpovedala duchu zakladateľa rádu, a tiež vymenoval kardinála z Ostie Uga dei Conti di Segni, neskoršieho pápeža Gregora IX., za kardinála protektora a korektora rádu. O dôvodoch a motívoch týchto opatrení a Františkovho odstúpenia z úradu možno len špekulovať. Františkovi sa očividne nepodarilo udržať väčšinu svojich nasledovníkov v prísnom a zásadovom kurze, ktorý si želal.
Podľa prameňov sa po odovzdaní vedenia rádu vnútorne stiahol, čím veľmi trpel. Nakoniec na pokyn Rímskej kúrie neochotne napísal tretiu, konečnú verziu reguly františkánskeho rádu v pustovni Fonte Colombo v roku 1223 a pápež Honorius III. ju 29. novembra v tom istom roku schválil.
Dva dni pred smrťou sa však František dal odniesť do kostola Porciuncula. Jeho životopisec Celano to interpretuje tak, že chcel zomrieť na svojom obľúbenom mieste, kde sa hnutie bratov začalo. Pravdepodobne tam chcel byť aj pochovaný. Tradícia uvádza, že František si želal, aby ho položili nahého na zem, aby tak prejavil svoju lojalitu k „Pani chudobe“. Potom mal byť oblečený do rúcha požičaného od spolubrata. Želal si, aby mu zaspievali Pieseň brata Slnka, ktorú napísal, a prečítali evanjelium o Ježišovom utrpení a smrti.
Jeho testament sa mal podľa jeho vôle čítať spolu s regulou na všetkých budúcich zasadnutiach rádu „až do konca“ bez akejkoľvek zmeny a výkladu.
Celano uvádza, že občania Assisi dali Františkovo telo preniesť do Assisi hneď po smrti, pretože sa obávali, že sa ho zmocnia občania susednej nepriateľskej Perugie. Keďže František bol už za svojho života považovaný za svätého, magistrát mesta Assisi očakával, že jeho verejná úcta prinesie mestu politickú reputáciu a ekonomické výhody napríklad prostredníctvom pútí.
František bol svätorečený 16. júla 1228 pápežom Gregorom IX. Najstaršia správa o kanonizácii však pôsobí ako svätorečenie samotného pápeža, pričom osobnosť brata Františka bola spomenutá len okrajovo. Preto neprekvapuje, že po tejto kanonizácii nasledovala o dva roky neskôr pápežská bula Quo elongati, v ktorej Gregor IX., bývalý protektor Františkovho celoživotného diela, poprel právnu záväznosť svätcovej poslednej vôle pre rehoľu. Tomu zodpovedal aj pohreb: Františka nepochovali v Santa Maria degli Angeli v Porciuncule, ale jeho pozostatky odpočívali od roku 1230 v kamennej rakve v pohrebnej komore dolného kostola Baziliky svätého Františka v Assisi.
Františkáni sa v priebehu niekoľkých rokov rozšírili po celej Európe od Svätej ríše rímskej až po Baltské more, kde bola v roku 1230 založená pobočka v Rige. Spôsob života nových, pápežom uznávaných potulných kazateľov bez klaustra, teda bez jasne definovaného kláštorného obvodu, ponúkal presvedčivé sociálne a duchovné riešenia. Františkáni sa neusilovali o majetky, moc nad druhými a spoločenskú prestíž a to bol dôvod ich širokého rozšírenia a popularity, rovnako ako ich záujem o chudobných a marginalizovaných. Preto františkánov na mnohých miestach podporovali kniežatá a mestskí predstavitelia a povzbudzovali ich k zakladaniu kláštorov.
