Kostol postavili na námestí v poslednej tretine 13. storočia. V polovici 16. storočia mal patrocínium sv. Stanislava, teraz má sv. Matúša. Podľa starej Ľupčianskej kroniky sa ľupčianska farnosť oddelila od michalskej, a tým sa osamostatnila v roku 1293. Podľa oficiálnych údajov ľupčianska farnosť jestvovala už roku 1294. Ako prvý ľupčiansky farár sa v listinách z rokov 1294 a 1297 spomína Šalamún. Hospodársku prosperitu Ľupče a vzrast počtu jej obyvateľov dosvedčuje rozšírenie farského kostola o druhú loď roku 1320. Od tých čias má svätyňa gotickú krížovú rebrovú klenbu. Železné kované dvere do sakristie sú pôvodné. Pre hroziace turecké nebezpečenstvo v 16. storočí vybudovali okolo kostola ochranný pevnostný múr so strelnými otvormi a prestavali vežu. V 18. storočí dostala terajšiu barokovú podobu. Rád františkánov nenašiel v Ľupči v 13. storočí vhodné podmienky na svoju činnosť, preto si tu nevybudoval svoje sídlo. Nepriame doklady však naznačujú, že okolo roku 1500 jestvoval v Ľupči alebo pri Ľupči (azda na hradisku) františkánsky kostol.